Los bcaa alteran las propiedades bioquímicas en el músculo.

Los aminoácidos no sólo funcionan como bloques formadores de proteína; la mayoría ejerce múltiples funciones en el cuerpo. Los tres aminoácidos esenciales (leucina, isoleucina y valina) aportan una fuente alternativa de energía para casi todo los tejidos del cuerpo, incluyendo el músculo. Los aminoácidos ramificados (BCAA) se agotan durante el ejercicio intenso. Consumirlos antes de entrenar puede proporcionar más combustible para seguir haciendo ejercicios sin necesidad de bucear en las reservas de glucógeno muscular y producirnos fatiga. Los BCAA son mejores cuando se toman en una relación 2:1 entre la leucina y sus acompañantes: valina e isoleusina. Han demostrado recientemente favorecer la recuperación muscular del ejercicio con pesas. Un estudio evaluó  los efectos de la toma de BCAA 30 minutos antes del entrenamiento, inmediatamente después y 4 días después del ejercicio, luego hacer contracciones excéntricas intensas. Al final del estudio, no hubo diferencias en fuerza muscular entre los grupos que tomaron BCAA; pero las molestias muscular disminuyeron hasta los 4 día siguiente al ejercicio en el grupo suplementado con BCAA. Cuando se examinaron las muestras de sangre, los sujetos que tomaron la mezcla de BCAA durante los 4 días siguientes al ejercicio presentaron reducciones de las enzimas asociadas con daños musculares: CK (desde 48 a 96 horas), mioglobina (desde 24 a 96 horas) y agujetas musculares (desde 24 a 96 horas), al compararlas con el grupo de placebo. Estos resultados demuestran que la suplementación con BCAA es capaz de reducir las agujetas,y la prueba puede relacionarse con algunos marcadores bioquímicos de los daños musculares. Otro estudio informó de que los marcadores de la enzima referidas al daño muscular también se habían reducido con el uso de los BCAA.
En resumen: los BCAA parecen reducir las agujetas musculares aunque tal vez no potencian la recuperación de la fuerza después de hacer ejercicio con pesas. La suplementacion con BCAA puede prevenir los daños musculares, un asunto capaz de jugar un papel en la hipertrofia muscular.